The Wistar İnstitutunun tədqiqatçıları elm adamlarına "gen promotorları" - hüceyrənin transkripsiya mexanizminə müəyyən bir zülal yaratmaq üçün oxumağa haradan başlamaq lazım olduğunu bildirən DNT zəncirinin boyunca bölgələri tapmağa kömək edəcək onlayn alətin buraxıldığını elan edirlər. Mammalian Promoter Database (MPromDb) Wistar-da yaradılan genom ardıcıllığı məlumatlarını insan və siçan genomikası üzrə ictimaiyyətə açıq məlumatlar ilə birləşdirir. Tədqiqatçılar deyirlər ki, MPromDb məlum promouterləri dəqiq müəyyənləşdirir və yenilərinin harada tapılacağını proqnozlaşdırır.
"İnsan genetik variasiyası üzrə hərtərəfli resurs təmin etmək və bizi bu sahədə istiqamətləndirmək məqsədi ilə "1000 Genom Layihəsi"ndən 1000-dən çox fərddən yüksək dəqiqliklə yığılmış ardıcıllıqlar da daxil olmaqla bir neçə tam genom ardıcıllığı mövcuddur. şəxsi genomika dövrü "dedi, Ph. D., Wistar-ın Molekulyar və Hüceyrəvi Onkogenez Proqramının dosenti və Wistar İnstitutu Sistemlər və Hesablama Biologiya Mərkəzinin direktor müavini Ramana V. Davuluri. "Bu məlumatla tədqiqatçılar fərdiləşdirilmiş diaqnostika və terapevtiklər hazırlaya və ya əvvəllər mümkün hesab ediləndən daha dərindən gen tənzimlənməsinin öyrənilməsinə başlaya bilərlər."
Davuluri və həmkarları MPromDb-ni necə qurduqlarının təfərrüatlarını Nucleic Acids Research jurnalında dərc etdilər.
Bir vaxtlar genetikaya dair dərslik baxışının əksinə olaraq, bir gen yalnız bir proteini kodlaya bilməz. Əslində, elm adamları indi bilirlər ki, bir gen müəyyən bir zülalın bir neçə versiyasını kodlaya bilər - zülalın izoformları - bu, hüceyrələrə demək olar ki, 100.000 fərqli zülal yaratmağa imkan verir, baxmayaraq ki, bizim DNT-miz yalnız 20.000 protein kodlaşdıran geni kodlayır. Bədən ana bətnində böyüdükcə hüceyrələr inkişafın müxtəlif mərhələlərində müxtəlif izoformlardan istifadə edə bilərlər. Eyni şəkildə, müxtəlif yetkin hüceyrələr də hansı hüceyrə növündən asılı olaraq zülalın müxtəlif izoformalarından istifadə edə bilər, məsələn, neyron və dəri hüceyrəsi.
"Biz DNT-mizin məhdud genetik təlimatlar dəstindən böyük müxtəliflik yaratdığı bu gözəl sistemi inkişaf etdirdik" dedi Davuluri. "Son sübutlar göstərir ki, bütün genlərimizin ən azı yarısı hüceyrələrə transkript variantları və protein izoformları yaratmağa imkan verən alternativ promotorlara malikdir."
Davuluri laboratoriyasının əvvəlki hesabatları göstərdi ki, genlərin təxminən 40 faizi protein izoformalarını yaratmaq üçün alternativ promotorlardan istifadə edir. Davuluriyə görə, bu məlumatı digər tədqiqatlardan əldə edilən məlumatlarla inteqrasiya etmək, şübhəsiz ki, bu alternativ təşviqatçıların əhəmiyyətli dərəcədə daha çoxunu tapacaq.
"Genetik dəyişikliklərin çoxu gen tənzimləyici bölgələr kimi protein kodlaşdırma bölgələrindən kənarda baş verir" dedi Davuluri."MPromDb, vücudumuzun müəyyən bir zülal variantını harada və nə vaxt hazırladığını sizə deyə bilən gen promotor annotasiyaları şəklində məlumatlar üçün kontekst təmin edir."
MPromDb öz məlumatlarını Milli İnsan tərəfindən idarə olunan Milli Biotexnologiya İnformasiya Mərkəzi və DNT Elementlərinin Ensiklopediyası (KODLA) tərəfindən idarə olunan Gen İfadəsi Omnibus (GEO) kimi milli və beynəlxalq tədqiqatçılar konsorsiumları tərəfindən saxlanılan nəhəng verilənlər bazalarından əldə edir. Genom Tədqiqat İnstitutu. Əslində, MPromDb, hüceyrənin sonradan proteinə çevrildiyi RNT transkriptini yaradan bir ferment olan Polimeraz II üçün potensial bağlanma yerləri ola biləcək əsas DNT ardıcıllıqlarını axtarır. Cari verilənlər bazası altı müxtəlif hüceyrə tipində tapılan 42.000-dən çox insan promotoru və 10 müxtəlif hüceyrə tipində tapılan 48.000-dən çox siçan geni promotoru haqqında məlumatları ehtiva edir.
"Əslində elm adamları gələcək nəsil ardıcıllıq metodlarından istifadə edərək bu cür məlumat yaratmaqda o qədər bacarıqlıdırlar ki, müəyyən bir təcrübə və ya layihə üçün lazım olandan çox məlumat toplayırlar" dedi Davuluri."Bu məlumatların hamısı bizim kimi qruplar tərəfindən kəşf olunmağı gözləyən GEO kimi yerlərdə başa çatır."
Davuluriyə görə, Wistar Sistemlər və Hesablama Biologiya Mərkəzi MPromDb-ni genişləndirməyi planlaşdırır - genlərin tənzimlənməsinə təsir edən DNT dəyişiklikləri haqqında məlumat; protein-DNT qarşılıqlı əlaqə məlumatları; həm insanlar, həm də siçanlar üçün genetik variasiya məlumatları.
Bu layihənin maliyyələşdirilməsi Milli Sağlamlıq İnstitutlarının Milli İnsan Genomu Tədqiqat İnstitutu, Amerika Xərçəng Cəmiyyəti və Philadelphia He althcare Trust tərəfindən təmin edilir. Davuluri The Wistar İnstitutunda Philadelphia He althcare Trust Professorudur.
Bu tədqiqatın həmmüəllifləri arasında Wistar Sistemlər Mərkəzinin və Hesablama Biologiyasının tədqiqatçıları Ravi Qupta, Ph. D.; Anirban Bhattacharyya, Ph. D.; Fransisko J. Aqosto-Peres; və Priyankara Wickramasinghe, Ph. D.
